Veiklą saugomose teritorijose reglamentuoja Lietuvos Respublikos saugomų teritorijų įstatymas (Žin., 1993, Nr. 63-1188; 2001, Nr. 108-3902), Lietuvos Respublikos miškų įstatymas (Žin., 1994, Nr. 96-1872; 2001, Nr. 35-1161), Lietuvos Respublikos nekilnojamųjų kultūros vertybių apsaugos įstatymas (Žin., 1995, Nr. 3-37) ir kiti įstatymai, saugomų teritorijų nuostatai, saugomų teritorijų planavimo dokumentai; saugomų teritorijų, jų zonų, teritorijos dalių ar paveldo objektų individualūs apsaugos reglamentai; saugomų teritorijų regioniniai architektūriniai reglamentai, įskaitant laikinuosius reglamentus; apsaugos sutartys, kurios gali būti sudaromos dėl veiklos apribojimų saugomose teritorijose, konkrečių žemės, miško ir vandens telkinio naudojimo sąlygų nustatymo, saugomų teritorijų tipiniai apsaugos reglamentai.

Saugomos teritorijos steigiamos siekiant išsaugoti gamtos ir kultūros paveldo teritorinius kompleksus ir objektus (vertybes), kraštovaizdžio ir biologinę įvairovę, didelės aplinkosauginės vertės miškus, užtikrinti kraštovaizdžio ekologinę pusiausvyrą, gamtos išteklių subalansuotą naudojimą ir atkūrimą, sudaryti sąlygas pažintiniam turizmui, moksliniams tyrimams ir aplinkos būklės stebėjimams, propaguoti gamtos ir kultūros paveldo teritorinius kompleksus ir objektus (vertybes).